Trường

• Trường Đại học Sư phạm: tiền thân là Trường Đại học Sư phạm (1957) thuộc Viện Đại học Huế.
• Trường Đại học Khoa học: tiền thân là Trường Đại học Khoa học và Trường Đại học Văn khoa (1957) thuộc Viện Đại học Huế.
• Trường Đại học Y Dược: tiền thân là Trường Đại học Y khoa (1961) thuộc Viện Đại học Huế.
• Trường Đại học Nông Lâm: được thành lập và sáp nhập nhiều lần. Đến năm 1983 được đổi tên thành Đại học Nông Lâm Huế thuộc Viện Đại học Huế
• Trường Đại học Nghệ thuật: Tiền thân là trường Cao đẳng Mỹ thuật (1957) thuộc Viện Đại học Huế
• Trường Đại học Kinh tế: tiền thân là Khoa Kinh tế nông nghiệp, Đại học Nông nghiệp II Hà Bắc (1969)
• Trường Đại học Ngoại ngữ: Tiền thân là tổ ngoại ngữ thuộc Viện Đại học Huế (1957), ban đầu chỉ gồm 5 giảng viên tiếng Anh và 5 giảng viên tiếng Pháp
• Trường Đại học Luật: Tiền thân là trường Đại học Luật (1957) thuộc Viện Đại học Huế và Khoa Luật trực thuộc Đại học Huế[15]
• Trường Du lịch: Tiền thân là khoa du lịch thuộc Đại học Huế, chuyên đào tạo về du lịch, lữ hành, văn hóa, kinh tế du lịch

Khoa

Hiện tại, Đại học Huế có 3 khoa trực thuộc là:

• Khoa Quốc tế
• Khoa Kỹ thuật và Công nghệ
• Khoa Giáo dục thể chất

Viện đào tạo và phân hiệu

• Viện đào tạo mở và Công nghệ thông tin
• Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị

Viện nghiên cứu và đào tạo sau Đại học

• Viện tài nguyên môi trường
• Viện công nghệ sinh học
• Viện Nghiên cứu giáo dục và Giao lưu quốc tế

Trung tâm

• Trung tâm Đảm bảo chất lượng giáo dục
• Trung tâm Giáo dục Thường xuyên (tiền thân là Trung tâm Đào tạo Từ xa.)
• Trung tâm Đào tạo Quốc tế
• Trung tâm Công nghệ Thông tin
• Trung tâm Giáo dục quốc phòng
• Trung tâm Học Liệu
• Trung tâm Phục vụ sinh viên
• Trung tâm Tư vấn nghề nghiệp việc làm sinh viên
• Trung tâm Tài nguyên và Môi trường
• Trung tâm Ươm tạo và Chuyển giao công nghệ
• Trung tâm đào tạo quốc tế
• Trung tâm khởi nghiệp và đổi mới sáng tạo

Các đơn vị phục vụ đào tạo và nghiên cứu

• Tạp chí khoa học
• Nhà xuất bản Đại học Huế
• Bệnh viện trường Đại học y dược